특별방역대책기간 중 농협은 ▲ASF·구제역·AI 방역상황실 24시간 운영 ▲SOP에 따른 각 계통기관별 행동요령 안내 ▲지역별 상시방역실행 계획 보완·시행 및 전국 일제소독의 날 행사 실시 ▲현장 방역인력풀(4천740명) 재정비 및 방역대응 준비태세 역량 강화 ▲소규모 농가 공동방제단(115개 축협, 540개반) 소독지원 확대 운영 ▲가축질병 재발 방지를 위한 방역 및 홍보활동 ▲겨울철새 도래 관련 AI 차단방역 지도 ▲공동방제단 등 운영 내실화 및 방역의식 고취를 위한 교육 실시 ▲구제역 백신 일제접종 홍보·지도를 주요 활동으로 전개한다.

농협은 매년 10월 특별방역대책기간을 운영하고 있으며 2017년 9월 범 농협 상시방역 선포식 이후 전 계통 사무소가 동참하는 범 농협 방역시스템을 수립·시행중에 있다. 

농협은 전년도 특별방역대책기간 중에는 53만2천회 공동방제단 소독지원, 1만5천명의 인력지원, 1천761억원의 자금, 생석회 5천톤 등을 지원했었다.